هناك بعض الكائنات الدقيقة (المجهرية) الضارة وغير صالحة للاستخدام فى تجهيز غذاء الإنسان والحيوان نظرا لتأثيرها الضار، ولكن هناك مجموعة كبيرة تستخدم فى هذا المجال. وتعتمدتكنولوجيا استخدام الكائنات الحية الدقيقة أساسا على استخدام مجموعة من الكائنات الدقيقة